太湖水污染治理審計是一項事關民生的重要工作，從2010年9月初開始，惠山區審計局將對太湖水污染治理資金和相關部門及項目進行調查摸底。針對該項目涉及范圍廣、資金額度大、資金來源復雜等因素，該審計局將突出以下“五個重點”對其項目資金及建設投資績效情況，展開全面審計調查。
一是太湖水污染治理項目所涉及的中央、省、地方財政和企業自籌資金到位情況。重點是資金撥付率、配套資金到位率和項目完成總投資情況，以及太湖水污染治理項目帶動地方（含社會）總投資情況。
二是地方政府設立太湖水污染治理專戶情況。重點是地方財政資金的到位、使用以及占當地新增財力比例的情況。
三是項目建設情況。重點關注項目完工率，查找項目未完工原因等。
四是對兩個年度項目治理的績效情況，重點是該項目在太湖治污中的應用成效及風險。
五是重點做好太湖水污染治理社會宣傳工作，及時總結、收集和整理典型案例情況。
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