世界最大的水資源調配工程——南水北調工程，東線已于2013年12月通水，中線一期工程順利竣工，“南水”將于10月底開始“北調”河南、河北、北京、天津。
南水北調工程的的東線和中線，其水源地、流經地和目的地，均是中國人口密集的地方，也是中國水污染比較嚴重或未來存在污染可能性的地方。因此，這項工程從開工之日，無論是東線還是中線，水污染就是一個為公眾所高度關注的話題。
在東線。2002年工程開工時，據媒體報道，沿線江蘇、山東兩省大多數工業和城市污水未經處理直接排入河道，輸水干線和支流水質大多為五類或劣五類；黃河以南36個控制斷面中，僅1個斷面水質達標；南四湖、東平湖污染嚴重，主要指標超標10～180倍。
中線同樣如此。2013年6月18日，央視財經頻道《經濟半小時》欄目以“流向丹江口”為題，報道十堰神定河污水處理廠直排污水；6月19日，央視《焦點訪談》欄目以“丹江口：正被污染的水源地”為題，再次進行了報道。
可以想象，這樣的水環境不整治或整治不成功，這項工程毫無意義，受水地絕對不會接受送來的是一片污水。
讓人稍可放心的是，經過10多年整治，東線36個控制斷面水質全部達標。在南四湖棲息的鳥類達200多種；絕跡多年的小銀魚、毛刀魚、鱖魚等再現南四湖，南四湖支流白馬河也發現對水質極為敏感的桃花水母；而國家發改委有關人士10月14日在回應媒體關于中線水源地存在污染問題時稱，丹江口水庫的水質是比較好的，也發現一些支流存在水污染問題，但不影響大局。
這些治污成績的背后，是水源地和流經地各方的巨大努力。比如江蘇省2006年以來，累計關停沿線化工企業800多家。山東省對于環境容量飽和的區域，禁止新增排污總量的項目建設，嚴格控制新上造紙、化工、釀造等重污染行業項目。2006年至今，涉及中線庫區的豫鄂陜三地，累計關停企業1000多家，有的甚至是發展不錯的地方支柱企業。
關停污染企業的同時，東線山東調水沿線已建成人工濕地面積17.9萬畝，修復自然濕地面積20.1萬畝。中線庫區涉及豫鄂陜43個縣市區的污水處理廠已全部建成。
中國今天的水污染，使得上下游之間、跨行政區域之間，在排污及治污問題上，分歧與矛盾越來越大，跨區水污染事件越來越多。它已經成為困擾流域內省 (自治區、直轄市)、市、縣等各級政府的難題 。
而南水北調以人工方式，復制了一個上下游、跨行政區域的流域關系，通過這種人工復制的流域關系，可以更為深刻地理解水污染防治的深層內涵。
在這個人工流域關系內，同樣存在上下游之間的矛盾與協同。為了保障“一泓清水北上”，水源地和流經地付出了巨大犧牲，理應得到補償。2008年，國家將中線水源地43個縣全部納入國家重點生態工程的轉移支付范圍內，目前為止，累計完成轉移支付近200億元，其中，2013年達40余億元，平均每個縣1億元，不如此，水源地很可能出現保護水源動力不足問題。這樣活生生的經驗，同樣適用于自然河流，流域跨區生態補償制度因此應盡快建立。
通過向某一區域定向調水，實際上是在宣示一種水權關系。在南水北調沿線，已經形成了一個水權市場，這個市場由中央政府宏觀調控，沿線地方政府參與，企業具體運作。沒有明確產權界限的東西往往得不到愛惜和保護，自然河流日趨嚴重的水污染充分證明了這一點。如何使公眾接受自然流域中水的產權觀念，進而產生保護意識，南水北調是一個生動的例子。
不得不說，南水北調水污染防治能夠取得初步成功，采取了很多臨時措施和霹靂手段，保障了開局。但一切工作剛剛開始，如何保證已有的治污成績能夠持續下去，后續的財力保障，制度建設和執行更為關鍵。
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