城市黑臭水體不僅影響人居環境，而且影響城市形象，治理工作刻不容緩。由于城市黑臭水體成因的復雜性，所以治理需綜合施策。
江西省南昌市經濟技術開發區探索形成了“水環境保護宣傳+源頭預防、過程監管和末端治理的全流程管理+水生態系統修復”三合一的治理模式，取得了較好的治理效果，形成了可供借鑒的治理經驗。
治理黑臭水體是城市水環境治理的堅中之堅，政府單方面難以擔當重務，需形成合力，通過加強宣傳，喚醒企業、居民、學校等社會主體的水環境保護意識，引導其自覺保護水環境，將排污主體轉化為治理主體。在這個過程中，可以到居民小區、工廠、商業機構等地發放水環境保護宣傳資料，張貼公益廣告，還可以組織流動宣傳車隊到大街小巷進行廣播宣傳，讓水環境保護講座進學校、進工廠、進社區等，讓公眾知曉水環境保護的重要性和迫切性，了解在生產生活中怎樣保護水環境。
預防、監管、治理是一個有機體系，要將三者緊密結合起來，不能只注重末端治理。
源頭預防，就要盡可能減少企業、居民、學校、商業機構污水的產生量。對轄區內產業結構進行優化和調整，增強法律震懾力，促進企業及相關機構減污降污，并設立企業減污降污獎勵制度，對表現優異的企業，給予其一定的獎補。
對企業、學校、居民區的排污情況進行嚴密監管，對超標排放的主體按相關法規進行懲處，做到執法必嚴，有效引導企業加強自我治理。目前，各地企業排污監測系統建設比較完善，監管也比較嚴格。學校和居民區生活污水排放是造成城市黑臭水體的重要原因之一，但目前的排污監測和監管相對弱化。因此，針對高校和居民區建立污水監測和監管體系（監管制度和監管設施），可將學校管理機構和社區物業管理機構作為污水自我治理的主體，賦予其治理責任，促進其減污降污。
在末端治理中，一方面對城市污水處理廠進行提標改造。污水處理廠提標要本著適度超前的原則，以備現時和未來發展需要。另一方面，完善管網建設，努力做到雨污分流，還要擴大管網覆蓋范圍，做到應收盡收、應輸盡輸。
良好的水生態環境有利于增強水體的自我凈化能力，從而改善水環境。為此，一是營造水下森林。“水下森林”是指以沉水植物為核心，建立起一個平衡的生態系統。沉水植物可以對水中的氮、磷等物質進行分解，有效改善水體環境，同時也能為水下生物提供營養和棲息地。二是培養食藻蟲。水體氮磷物質超標，會造成河道內藻類生物大量生長，使得河道水環境自凈能力下降，水生態系統遭到破壞。可以在水體中培育食藻蟲，阻止藻類植物繁殖，為水生動物和其他水生植物創造生存空間,促進水體生態系統重建。三是運用微孔曝氣增氧技術。大部分微生物的生長離不開氧氣，可以通過微孔曝氣裝置將氧氣輸送到河道中，增加水中含氧量，促進微生物生長，有利于水環境修復。
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